Le rhinocéros de Java est plus petit que le rhinocéros indien, il est à peu près de la même taille que le rhinocéros noir. 爪哇犀牛比印度犀牛小,大小接近黑犀。
D'autres taxonomistes considèrent le Rhinocéros de Sumatra comme un taxon frère des Rhinocéros d'Inde et de Java car leurs aires de répartition sont proches,. 其他分类学者认为苏门犀与印度犀和爪哇犀更接近,因为它们的分布区很接近。